محلول اتیدیوم برماید

محلول اتیدیوم برماید

توضیحات کلی

محلول اتیدیوم برماید رایج‌ترین رنگ اسید نوکلئیک مورد استفاده در الکتروفورز ژل آگارز است. فلورسانس EtBr با اتصال به RNA دو رشته‌ای 25 برابر و در اتصال به DNA دو رشته‌ای به میزان 21 برابر افزایش می‌یابد به‌طوری‌که حذف پس‌زمینه با غلظت کم رنگ (10 میکروگرم/میلی‌لیتر) لازم نیست. این محلول در روش‌های فلوریمتری اسیدهای نوکلئیک مورد استفاده قرار گرفته است. نشان داده‌شده است که این محلول به DNA تک‌رشته‌ای (اگرچه چندان قوی نیست) و DNA سه رشته‌ای متصل می‌شود. این ماده به دلیل توانایی اتصال به DNA، مهار کننده DNA پلیمراز است.

کاربرد

به عنوان رنگ برای ارزیابی زنده ماندن سلول‌های U937

برای تشخیص و شناسایی محصولات واکنش زنجیره ای پلیمراز PCR

در الکتروفورز ژل آگارز در روش retardation ژل

عملکرد بیوشیمیایی/فیزیولوژیکی

این ماده DNA و RNA دو رشته ای را جدا نموده و باعث یک جهش فریم شیفت می‌شود. همچنین می توان از اتیدیم برماید در کونژوگاسیون با آکریدین اورنج جهت بررسی تمایز بین سلول‌های زنده، آپوپتوز و نکروز استفاده کرد.

آماده‌سازی

برای رنگ آمیزی ژل آگارز بعد از الکتروفورز، از محلول استوک اتیدیم برماید غلظت 0.5 میکروگرم در میلی‌لیتر با آب تهیه و ژل را به مدت 15 تا 30 دقیقه انکوبه کنید. در صورت لزوم کاهش پس زمینه، به مدت زمان 15 دقیقه ژل را در آب انکوبه کنید. باندهای DNA می‌توانند در طول موج 254 نانومتر شناسایی شوند. اتیدیم برماید با غلظت 0.5 میکروگرم در میلی‌لیتر می‌تواند در رانینگ بافر و ژل نیز استفاده شود و پس از الکتروفورز باندها مشاهده شود.

دمای نگه‌داری

دمای اتاق