سبد خرید 0
سبد خرید 0

تهیه ژل آگارز الکتروفورز

تهیه ژل آگارز الکتروفورز

 

تهیه ژل آگارز الکتروفورز

روش تهیه ژل آگارز الکتروفورز

ابتدا بهترین آگارز را برای کاربرد خود تعیین کنید. Agarose LE ،برای تجزیه و تحلیل بهترین عملکرد را دارد. اسیدهای نوکلئیک از 50 باز تا 25 کیلوباز برای آزمایشات کلونینگ توصیه می شود. آگارز با رزولوشن بالا وضوح برای تجزیه و تحلیل نوکلئوتیدهای زیر 1 کیلو باز ایده آل هستند. آگارز با ذوب کم (LM) برای جداسازی و تخلیص قطعات بزرگ DNA سالم را تسهیل می کند و برای آزمایشات کلونینگ  و هضم آنزیمی توصیه می شوند.

در جدول زیر محصولات آگاروز سیگما آورده شده استکه بسته به  آزمایش خود میتوانید آنرا انتخاب کنید. آگارزهایی که به رنگ سبز هستند در فزوشگاه ATR-MED موجود است و با کلیک بر کد آن به صفحه خرید هدایت می شوید.

Product No. Description Sulfate Gel Strength
(g/cm2)
Gelling Temp.
(°C)
Melting Temp.
(°C)
EEO
A6013 Agarose Type I: Low EEO ≤0.15% ≥1200 at 1.0% 36±1.5 at 1.5%
Gel Point
N/A 0.09-0.13
A0169 Agarose Type I-A: Low EEO ≤0.2% ≥1200 at 1.0% 36±1.5 at 1.5%
Gel Point
88±1.5 0.09-0.13
A0576 Agarose Type I-B: Low EEO

  • High gel strength
  • Suitable for separating high molecular weight
≤0.12% ≥3200 at 1.5% 36±1.5 at 1.5%
Gel Temp.
88±1.5 ≤0.12
A9539 Agarose: Low EEO, For Routine Use
Molecular Biology Reagent

  • DNase and RNase: none detected.
  • For analysis and purification of nucleic acids
≤0.15% ≥1200 at 1.0% 36±1.5 at 1.5%
Gel Point
N/A 0.09-0.13
A4679 Agarose: Low EEO, For
Immunoelectrophoresis
Electrophoresis Reagent

Suitable for standard immunoelectrophoresis and immunodiffusion
≤0.20% ≥1200 at 1.0% 36±2.0 at 1.5%
Gel Point
88±2.0 at 1.5% 0.09-0.13
AGRLE-RO Agarose: Low EEO
For use in standard gel electrophoresis
≤0.14% ≥1200 at 1.0% ≥2500 at 1.5% 36±1.5 at 1.5% Gel Temp. 88±1.5 at 1.5% 0.05-0.13
A6877 Agarose Type II: Medium EEO ≤0.20% ≥1000 at 1.0% 36±1.5 at 1.5% Congealing Temp. N/A 0.16-0.19
A9918 Agarose Type II-A: Medium EEO ≤0.25% ≥1000 at 1.0% 36±1.5 at 1.5%
Gel Point
88±1.5 0.16-0.19
A6138 Agarose Type III: High EEO ≤0.20% ≥650 at 1.0% 36±1.5 at 1.5%
Gel Temp.
N/A 0.23-0.26
A9793 Agarose Type III-A: High EEO ≤0.25% ≥750 at 1.0% 36±1.5 at 1.5%
Gel Temp.
N/A 0.23-0.26
05066 Agarose: High EEO
For Molecular Biology

DNase, RNase, Phosphatases, Proteases: none detected.
≤0.6% ≥1500 34-37 at 1.5%
Gel Temp.
N/A 0.23-0.27
A3643 Agarose Type IV: Special High EEO

  • Lower sulfate content and non-specific protein binding capacity than Type III
  • For electrophoretic techniques requiring a high degree of cathodal movement
N/A N/A N/A N/A ≥0.30
A5304 Agarose: Special High EEO
Electrophoresis Reagent
Suitable for counterimmunoelectrophoresis and immunoelectrophoretic techniques with significant cathodal migration.
≤0.2% ≥700 at 1.0% 36±1.5 at 1.5%
Gel Point
N/A ≤0.40
A7174 Agarose Type VI-A: High Gelling Temp. ≤0.20% ≥900 at 1.0% 41±1.5 at 1.5%
Gel Point
N/A ≤0.14
A0701 Agarose Type VII-A: Low Gelling Temp. Excellent for in-gel enzymatic reactions and cloning assays and for recovery of heat-labile samples after electrophoresis. ≤0.4% ≥250 at 1.0% 26±2.0 at 1.5%
Gel Point
≤65.5 ≤0.12
A4018 Agarose: Low Gelling Temp.

  • A low gelling temperature derivative
  • Gels form at <30 °C and remelt at temperatures >65 °C
  • Useful for media containing heat-labile materials
N/A ≥200 at 1.0% 26-30 Congealing Temp. N/A ≤0.10
A9414 Agarose: Low Gelling Temp.,
For Molecular Biology
Molecular Biology Reagent

DNase, RNase, and NICKase: none detected.
≤0.10% ≥200 at 1.0% 26-30 Congealing Temp. ≤65 ≤0.10
A4905 Agarose Type VIII
For isoelectric focusing.
≤0.2% ≥500 at 1.0% N/A N/A ≤0.02
A5030 Agarose Type IX: Ultra-low Gelling Temp. Gelling occurs at 8-17 °C and remelting at <50 °C N/A N/A 8-17 at 0.8%
Gel Temp.
≤50 ≤0.05
A2576 Agarose Type IX-A: Ultra-low Gelling Temp.

  • Strong gels with ultra-low gelling temperature
  • For electrophoresis of heat-labile samples
  • For the growth of hybridomas and other cell lines
≤0.14% ≥300 at 1.5% ≤20 at 1.5%
Gel Point
≤62 at 1.5% ≤0.12
A3038 Agarose Type XI: Low Gelling Temp.
Suitable for separation of small nucleic acid fragments.
≤0.15% N/A ≤35
Gel Temp.
N/A ≤0.15
A7299 Agarose Type XII: Low Viscosity for Beading Recommended for preparation of agarose beads. ≤0.20% ≥900 at 1.0% 41±1.5 at 1.5%
Gel Temp.
N/A ≤0.14
A2929 Agarose: For Pulsed Field Electrophoresis
Running Gel

Molecular Biology Reagent

  • DNase, RNase, and NICKase: none detected
  • Suitable for the separation of high molecular weight DNA
≤0.20% ≥2000 38-43 at 10%
Gel Temp.
N/A ≤0.10
A3054 Agarose: For Pulsed Field Electrophoresis Sample Preparation
Molecular Biology Reagent

  • DNase and RNase: none detected
  • Suitable for making gel plugs when separating high molecular weight DNA without the shearing encountered by conventional isolation techniques
≤0.15% N/A 26-30
Gel Temp.
N/A ≤0.10
A2790 Agarose: Wide Range
Molecular Biology Reagent

  • DNase and RNase: none detected
  • Capable of separating DNA fragments with 50-1,000 base pairs on a single 3% gel
<0.15% N/A ≤35
Gel Temp.
≤65 ≤0.15
A7431 Agarose: Wide Range/Standard 3:1 Ratio, For Molecular Biology
Molecular Biology Reagent

  • DNase, RNase, and NICKase: none detected
  • Composed of 3 parts low gelling temperature agarose and 1 part high gelling temperature agarose
  • Specially formulated to form strong, flexible gels for separation of small (#1 kb) PCR products, DNA and RNA
≤0.15% ≥1200 at 4.0% 32.5-38 at 4%
Gel Temp.
≤90 at 4% ≤0.13
A4718 Agarose: High Resolution, for Molecular Biology
DNase, RNase, and NICKase: none detected.
N/A N/A ≤35 at 3%
Gel Temp.
≤75 at 3% ≤0.05
AGRMP-RO Agarose: Multipurpose
DNase, RNase: none detected.
≤0.12% ≥1800 at 1.0% ≥3200 at 1.5% 36±1.5 at 1.5%
Gel Temp.
88±1.5 at 1.5% ≤0.1

تهیه بافر ژل آگارز

ممکن است از بسته به نوع کاربرد، آماده سازی و رانینگ ژل استفاده شود. بافر TAE اجازه می دهد مهاجرت سریعتر الکتروفورتیک DNA خطی و تفکیک بهتر ژنومی DNA سوپرکویل انجام می شود. بافر TBE دارای ظرفیت بافری قوی تری است و ایده آل برای الکتروفورز با ولتاژ طولانی تر یا بالاتر است و همچنین برای جدا کردن قطعات >2kb ترجیح داده می شوند.

 بافر ژل آگارز
بافر TBE دارای ظرفیت بافری قوی تری است.

 

با این حال، بورات یک مهار کننده آنزیم است. بنابراین برای آزمایش هایی که به فعالیت آنزیمی نیاز دارند، توصیه نمی شود. بافرها را می توان ابتدا به صورت کرد  محلول غلیظ (50x or 10x) تهیه کرد سپس محلول رقیق شده (1x or 0.5x)  هنگامی که آماده افزودن آگارز و کاست ژل هستید آماده نمود.

تهیه ژل آگارز الکتروفورز

ژل های آگارز معمولاً با استفاده از محلول وزنی / حجمی در دامنه 0/5 2 درصد تهیه می شوند که این مقدار است باید با اندازه قطعات DNA مورد آنالیز، بهینه شود. درصد بهینه از ژل آگارز منجر به بهترین تفکیک و رزولوشن باندهای قطعات DNA می شود.

1- آگارز را وزن کرده و به فلاسک / لیوان حاوی بافر اضافه کنید.

غلظت ژل آگارز: به عنوان مثال، برای ژل آگارز 1 درصد، 1 گرم آگارز را به 100 میلی لیتر بافر اضافه کنید یا برای ژل آگارز 2 درصد 2 گرم آگارز را به 100 میلی لیتر بافر اضافه کنید. چند دقیقه قبل از چرخاندن فلاسک / بشر و حل کردن آن در محلول اجازه دهید تا آگارز انتها ظرف بنشیند. ژل های با درصد بالاتر (> 1/5 درصد) باید برای مدت طولانی تری نسبت به ژل های با درصد پایین تر هیدراته شوند .

2-از میله همزن و صفحه همزن استفاده کنید تا محلول به سرعت مخلوط شود.

توجه: یادتان باشد قبل از مایکروویو نوار همزن را بردارید.

 

درصد بهینه از آگارز ژل الکتروفورز منجر به بهترین تفکیک و رزولوشن باندهای قطعات DNA می شود.

3-دهانه فلاسک / لیوان را با بسته بندی پلاستیکی بپوشانید و یک سوراخ کوچک در قسمت بالا ایجاد کنید. اجازه دهید تا محلول تخلیه شود.

4-فلاسک / بشر را در مایکروویو گرم کنید. بعد از 30 ثانیه، آن را برداشته و بچرخانید تا خوب مخلوط شود. هر 30 ثانیه تکرار کنید تا همه آگارز حل شود.

توجه: اگر قطعات جامد آگارز یا ژل باقی ماند، فلاسک را به مایکروویو برگردانید و ادامه دهید

در فواصل 30 ثانیه ای گرم کنید تا تمام محصول در محلول قرار گیردکه ممکن است چند دقیقه طول بکشد , بستگی به غلظت ژل ایجاد شده و قدرت مایکروویو دارد.

5- فلاسک / بشر ذرا از مایکروویو خارج کرده و خیلی آرام بچرخانید.

هشدار: هنگام حل محلول در مایکروویو  آگاروز می تواند بیش از حد گرم شود و کف کند. از محافظت مناسب استفاده کنید و احتیاط کنید.

6- محلول را در دمای 55-60 درجه سانتیگراد خنک کنید.

7- ژل را طبق دستورالعمل های ارائه شده برای دستگاه خود در کاست بریزید.

محصول با موفقیت به سبد خرید اضافه شد.